تعمل السكرتاريا في مقر المركز بالقاهرة ويتمثل دورها في تنفيذ خطط عمل المركز الاستراتيجية والسنوية، كما أنها تحافظ على التواصل والتفاعل مع الوكالات والمؤسسات العامة ذات الصلة في الدول الأعضاء وتنسيق الإجراءات مع شركاء التعاون. وتعمل السكرتاريا على تمثيل المركز في جميع المعاملات القانونية والتجارية.